JAE INTRO: Análisis no invasivo del microbioma intestinal de peces en cultivo mediante herramientas de secuenciación de tercera generación - Oxford Nanopore Technologies

BECA DE INTRODUCCIÓN A LA INVESTIGACIÓN.
PROGRAMA JAE-INTRO 2023 (CSIC)
Objetivo: Iniciación en la carrera científica en el Instituto de Acuicultura Torre de la Sal.

TEMA OFERTADO: Análisis no invasivo del microbioma intestinal de peces en cultivo mediante herramientas de secuenciación de tercera generación - Oxford Nanopore Technologies
La acuicultura es el sector de producción animal de mayor crecimiento, con una contribución cada vez mayor como fuente de proteína animal para consumo humano. No obstante, la mejora de la sostenibilidad del sector requiere el empleo de nuevas estrategias y herramientas biotecnológicas, como la monitorización y modulación del microbioma intestinal de peces en cultivo. Hay cada vez más evidencias de los efectos beneficiosos del microbioma sobre la fisiología, la nutrición y los procesos inmunológicos de los animales en cultivo, habiéndose planteado el uso de la microbiota como indicador de bienestar y criterio de selección en programas de mejora genética. Dichos efectos beneficiosos se deben en parte a la producción de una serie de metabolitos, entre los que destacan los ácidos grasos de cadena corta (AGCC).
Los estudios del genoma microbiano (metagenoma) de peces han aumentado exponencialmente, pero la información disponible sigue siendo limitada. En dorada, especie modelo de la acuicultura mediterránea, hay evidencias de que el microbioma intestinal varía con la dieta, la edad, la temperatura, la estación del año, el sexo y la genética. Dichos trabajos se han centrado en la microbiota intestinal residente (adherida al mucus), por ser ésta la que presenta una menor variabilidad y la que mejor refleja los posibles efectos beneficiosos sobre el hospedador. En contrapartida, el estudio de la microbiota de las heces (microbiota transeúnte) es un procedimiento no invasivo y que además permite el seguimiento individual a lo largo del tiempo ante determinados estímulos nutricionales y ambientales, al igual que ocurre en otros modelos animales, incluido el hombre. Para ello se requiere un proceso de estandarización y validación (gold standard procedure) de la recogida y análisis de heces, que incluya análisis comparativos del metagenoma de heces y del mucus intestinal, para lo que se emplearían dos plataformas de secuenciación, Illumina y Oxford Nanopore Technologies (MinION y PromethION), con las que el estudiante se familiarizaría. Esta última tecnología, de tercera generación, es más barata y rápida, y además permite el uso de equipos portátiles como herramientas de campo. Esta propuesta permitirá al estudiante estar involucrado en la determinación de las concentraciones de AGCC en heces y muestras de sangre como indicador subrogado de la importancia relativa de los efectos beneficiosos de la microbiota de cada uno de los dos compartimentos analizados.

Duración: 7 meses – dedicación: 20 h/semana
Cuantía: 4200 €
Enfocada a estudiantes que:
- Estén matriculados en el curso 2022-23 y hayan aprobado el 75% (grado de 240 ECTS) o el 80% (grado de al menos 300 ECTS) de los ECTS.
- Estén matriculados en un máster en el curso 2022-2023 o 2023-2024.
Se requiere una nota media de grado ≥8.0/10 en ramas de conocimiento de Ciencias Experimentales y de la Vida y ≥7.0/10 en Ingenierías (Agraria).
Más información: https://sede.csic.gob.es/intro2023
Plazo de solicitud: hasta el 15 de mayo de 2023
Contacto: Álvaro Belenguer Ferrando (a.belenguer@csic.es), Instituto de Acuicultura Torre de la Sal (IATS), Castellón