Las ayudas predoctorales adscritas a un grupo suelen ir asociadas a la concesión de un proyecto de investigación, generalmente de varios años de duración y financiado por la misma entidad. En algunos casos, como puede ser el programa FPI del MINECO, se concede una sola beca para cada grupo sin atender a criterios científicos como son la calidad del grupo, el número de doctores que lo forman o las necesidades de personal del proyecto subvencionado. Las convocatorias, a su vez, pueden establecer de forma muy restrictiva la fecha de inicio de la beca o contrato, dificultándose así la capacidad del grupo para planificar su investigación y limitando la selección de candidatos a aquellos que estén disponibles en el momento en que se oferta la ayuda. Una mayor frecuencia de convocatorias y mayor flexibilidad en la fecha de inicio permitiría que el grupo ofertara la contratación de investigadores cuando el desarrollo de los trabajos lo aconseje o cuando estuvieran disponibles más solicitantes y más adecuados a las necesidades.
Por otra parte, los grupos de investigación españoles tienen muchas dificultades, principalmente presupuestarias, para contratar IE. Esto reduce notablemente la capacidad productiva de los grupos, dado que este colectivo destaca por su contribución científica. Además, muchas veces los grupos contratan a investigadores bajo figuras contractuales no adecuadas, como por ejemplo asistente de laboratorio en OPIs o personal de administración y servicios en universidades, cuando en realidad dichos investigadores realizan labores correspodientes a investigador o personal docente e investigador en universidades. La ausencia de este tipo de ofertas no facilita la incorporación de candidatos extranjeros al sistema de I+D+i español e implica también la consiguiente pérdida de nuevo capital humano, dado que existen muchas más oportunidades laborables en otros países. Esta situación se agrava porque normalmente las convocatorias y material complementario se publican solamente en español (y/o otras lenguas oficiales del Estado), ni siquiera en inglés, lo que dificulta el acceso por parte de científicos extranjeros.
Otra dificultad añadida que imponen muchas convocatorias (p. ej. en los programas JdC y JAE) es permitir un solo investigador postdoctoral contratado por proyecto, independientemente de la calidad y tamaño del grupo, penalizando a los que son competitivos y podrían tener más personal. En estos casos, la supervisión del investigador postdoctoral se reserva exclusivamente al investigador principal del proyecto de investigación correspondiente. Sin embargo, en un grupo puede haber otros investigadores que no sean investigadores principales, pero que cuenten con la experiencia y formación suficientes para llevar a cabo o complementar esta tarea.
Son poco frecuentes los proyectos en los que una parte del presupuesto está destinada a la contratación de personal, permitiendo al grupo disponer de este presupuesto en función de sus necesidades. Además, es común que el organismo financiador recorte la cantidad solicitada por el grupo; si esa suma se queda por debajo de unos umbrales mínimos, será imposible formalizar un contrato digno. De nuevo, se impone la necesidad de flexibilizar y optimizar las formas de contratación postdoctoral.
En la última convocatoria de ayudas JdC y RyC), los grupos u organismos (Universidades o OPIs) tendrán que financiar una parte de los gastos de contratación de los investigadores (BOE, 2012a). Aunque a priori nos parece un avance positivo, la medida ha generado un caos en la tramitación de las solicitudes en muchas universidades, y no puede resultar eficiente si no va acompañada de dinero para contratación en los proyectos de investigación de los grupos.