Convocatorias Predoctorales: FPI, FPU, CCAA, Fundaciones

¡Hola a tod@s!

Me concedieron la beca F.P.U. en 2009, y a finales de octubre de este 2014 se me acaba. Repasando la documentación del becario, he visto que en la certificación de obtención de grado de doctor se explica que si pasados seis meses después de la finalización de la beca no se hubiera leído ésta, se deben indicar los motivos y una fecha prevista para la lectura.
Tal y como llevo la Tesis, es más que probable que incluso pasados esos seis meses no la haya terminado, o en el pero de los casos, no llegar a terminarla por circunstancias que ahora no vienen el caso.
Mi duda, o más bien temor, es si puedo ser penalizado por el Ministerio de alguna manera, incluso exigiéndome que les devuelva el dinero de la beca, cosa que obviamente no podría hacer, porque durante estos cuatro años he tenido que pagar viajes, alquiler, gasolina, etcétera.
Si algun@ de vosotr@s está en una situación parecida, o sabe de alguien que lo ha estado, y puede responderme con alguna certeza sobre estas posibles penalizaciones del Ministerio, os lo agradecría mucho.
Un saludo a tod@s.