Convocatorias Predoctorales: FPI, FPU, CCAA, Fundaciones

Hola tengo una duda con el Real Decreto 99/2011 y el tiempo para finalizar la tesis, a ver si alguien me puede ayudar. Os cuento mi caso. Yo me matriculé en el doctorado por primera vez en el curso 2010/11, por lo que he estado dos años matriculado pero sin beca. Resulta que probablemente me concedan la FPU 2010 que me da 4 años de sueldo. La cuestión es que según el decreto:

"En todo caso, quienes a la entrada en vigor de este real decreto se encuentren
cursando estudios de doctorado disponen de 5 años para la presentación y defensa de la tesis doctoral. Transcurrido dicho plazo sin que se haya producido ésta, el doctorando causará baja definitiva en el programa."

Lo cual indica que debería leer mi tesis antes de Enero de 2016. Suponiendo que empezara a cobrar la beca FPU en Enero de 2013 (no se exactamente cuando me incorporaría, todavía no está resuelta del todo), significa terminarla en tres años a partir de que me concedieran la beca. La cuestión es ¿En lugar de cobrar los 4 años que me corresponden solo cobraría 3 porque me obligan a leerla antes de Enero de 2016 aunque mi beca durara hasta enero de 2017? ¿Se puede leer la tesis antes de terminar los 4 años de beca y seguir cobrando?

Siento ser tan extenso, no se si me he explicado bien.

Un saludo.