Convocatorias Predoctorales: FPI, FPU, CCAA, Fundaciones

Hola a todos.
Mi nombre es Isabel y acaban de concederme una beca FPI. Tengo una duda y no encuentro quien pueda resolvérmela.
Me dirigo a toda la comunidad de becarios por si pudiérais ayudarme. Resulta que yo he estudidado la licenciatura trabajando en una empresa y, en estos momentos, me encuentro en una situación laboral un tanto especial: tengo un permiso sin sueldo de tres meses, es decir, no recibo ningún salario pero la empresa sigue pagando cotización a la Seguridad Social por mí hasta que llegue la fecha de incorporarme y solicitar la excedencia.
Mi pregunta es si cuando me incorpore como Becaria y la Universidad comience a cotizar por mí, puedo tener algún problema por la doble cotización y perder la beca.
Un saludo a todos y enhorabuena por la labor que realizáis.
Isabel