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Un estudiante "mediocre" puede ser perfectamente un buen (o muy buen) investigador. 

Pero te aconsejo que no trabajes gratis. La carrera académica es a día de hoy extremadamente competitiva y sin los méritos asociados a una "beca" (contrato) predoctoral (prestigio, docencia, estancias, etc.) es imposible tener una carrera académica éxitosa. La tesis es un proceso largo y duro que muy fácilmente quema a los que no tienen un respaldo económico detrás (incluso a los que lo tienen). Tu director estará encantado con un trabajador gratis pero tu debes mirar por tus intereses. Siento ser tan pesimista pero el embudo es cada vez más estrecho y si empiezas con mal pie es muy posible que no se te abra ninguna puerta en el futuro.

A pesar de no conocer tu campo, no creo que vayas a poder conseguir ni una FPU ni ninguna beca predoctoral autonómica o de la universidad.

Mi consejo: echa la solicitud para una FPI o busca ofertas de proyectos PhD en el extranjero. Tu nota de la licenciatura es un problema para esto último pero quizás lo puedas compensar con la nota del máster o una carta de recomendación fuerte de tu tutor. Si no... Hay vida mas allá de la investigación, y conozco muchos que pensaban que la ciencia sería el amor de su vida y luego descubrieron que fuera del mundo académico había trabajos que les motivaban tanto o más y con mucho mejores condiciones.

Muy buenas!

Supongo que ya se habrá hablado del tema del expediente académico hasta la saciedad pero necesito consejo.

En mi caso diré que tengo en la licenciatura un 6.5, y en el máster un 8 (que creo que no cuenta para becas)... He estado en un departamento trabajando gratis por un año (aparte de las prácticas que hice antes) y ahora tengo la posibilidad de matricularme de doctorado. Mi tutor dice que a él no le importa la nota media, que le le gusta cómo trabajo y que prefiere asegurarse con gente que sabe que va a cumplir pero... mis otros compañeros tienen un 7.5 y un 8 respectivamente... Me da un poco de vergüenza aunque sé que la nota no debería serlo todo porque una persona es mucho más que una calificación, además me encanta la investigación y quiero dedicarme a esto definitivamente.

Mi pregunta es... vosotros me aconsejais seguir adelante? Con mi nota media puedo pedir becas? (La FPU ya sé que n pero... la FPI, alguna autonómica o de la universidad...)

Absteneos de llamarme mediocre que ya bastante tengo con cargar el lastre yo misma...

Estaba en una situación similar a la tuya (6.7 y 9) y me acabo de doctorar en Julio. Estuve un año más o menos de gratis con pequeños contratos del grupo, y después logré una beca propia de la Universidad porque ya tenía algún paper, comunicaciones, etc. y subí puestos.

Con tu media es complicado acceder a las FPU y en algunas FPI, pero en éstas normalmente se valora más la valía del candidato... al igual que las becas autonómicas/universidades que suelen ser más bajas en nota media y podrías acceder a ellas.

Intentaría ir a por ese contrato que comentas y no perder de vista las becas privadas de fundaciones o bancos, donde normalmente valoran mucho más el proyecto que la nota.