Convocatorias Predoctorales: FPI, FPU, CCAA, Fundaciones

Buenos días.
Soy becario FPU2012 (marzo 2013-marzo2017).
Mi pregunta es la siguiente, de acuerdo al BOE de mi convocatoria, si yo leo la tesis en la fase de contrato (independientemente de que sólo lleve un mes como contratado, por ejemplo), seguiría disfrutando de la beca 1 año y 11 meses (por seguir con el ejemplo).

Según la convocatoria FPU/2012, el Art. 6.2.d) En los casos de que el titulo del doctor se obtenga dentro de la ayuda concedida, podrán continuar con la ayuda, hasta completar la fase de beca o de contrato. En ningún caso podrá accederse a la fase de contrato en practicas si se ha obtenido el titulo de doctor en beca.

Sin embargo, en el servicio de investigación de mi universidad, me han dejado caer para otras cuestiones (en concreto fue para solicitar periodo de ausencia temporal) que se nos va aplicando las indicaciones de los nuevos BOE's (en mi BOE FPU 2012 permitían 9 meses y BOE FPU 2013 sólo 6, aunque no es el caso de este tema).

En referencia a la lectura de tesis y continuar con la ayuda el FPU 2013 dice

Artículo 18.5. De conformidad con los artículos 20 y 21 de la Ley 14/2011, de 1 de junio, cuando el personal con contrato predoctoral obtenga el título de doctor o finalice la permanencia en el programa de doctorado se extinguirá el contrato predoctoral y, de acuerdo con el objeto de la ayuda, finalizará el periodo de ejecución de la misma.

Lo que significa que cuando leamos la tesis se nos acabará la ayuda.
¿Alguién puede decirme algo al respecto? ¿A alguien más le ha ocurrido esto de "se te aplica lo indicado en los nuevos BOE's?

Un saludo y gracias.
Ángel.