Convocatorias Predoctorales: FPI, FPU, CCAA, Fundaciones

Hola Elisa,
Lo primero que debes hacer es consultar la normativa que regula los estudios de doctorado de tu universidad o comentar cuál es por si hay otro compañero de la misma. Aunque haya una ley que lo regule estos trámites se hacen a nivel interno y puede cambiar alguna cosa entre universidades.
Yo te puedo decir que en la mia sí que funcionan como tu indicas. El plazo comienza a contar justamente desde el día que te matriculas, sea la fecha que sea. Así que si fuera tu caso, el plazo habría acabado en marzo de este año (porque son 3 años). Para prorrogarlo un año más (hasta marzo de 2023) hay que pedirlo con antelación cumpliendo una serie de requisitos. Y adicionalmente se puede pedir una prórroga extraordinaria para un quinto año, que imagino que es lo que comentas y lo habría extendido hasta marzo de 2024. Pero te tengo que decir que la prórroga para un quinto año no es tan fácil como la primera, que es prácticamente hacer un papeleo y se concede de manera casi automática, si no que tiene que estar muy justificada. Y en general no se cuenta con hacer la tesis en más de 4 años. En cualquier caso las prórrogas, tanto la del 4º año como la del 5º hay que solicitarlas expresamente y hasta que no están concedidas la universidad no te las tiene en cuenta.
De todas maneras, creo que deberías antes de nada pedir que te aclaren cómo están interpretando los plazos y las prórrogas que te están aplicando. Lo digo porque se me ocurre que podría ser que desde tu facultad te digan que tienes hasta julio de 2023 sin contar la prórroga extraordinaria, simplemente asumiendo que lo vas a hacer en 4 años, y que tienes unos meses más hasta julio por otro motivo. Ten en cuenta que durante el primer estado de alarma de 2020 los plazos administrativos se bloquearon por lo que, al menos mi universidad, sumó esos 3-4 meses de estado de alarma al plazo de 3-4 años para presentar la tesis de sus doctorandos. En ese caso cuadraría empezar en marzo de 2019 + 3 años + 1 año de primera prórroga ordinaria + 4 meses de estado de alarma = julio 2023. Y aun podrías pedir esa prórroga extraordinaria del 5º año hasta julio de 2023 (si está justificado).